Nachdem die Rechnungen mittels OpenOlitor erzeugt wurden, können die von der Bank oder Post erstellten Files in OpenOlitor eingelesen werden. In einem Dialog können Fehlermeldungen abgearbeitet werden. Das Modul „Verarbeitung Zahlungseingänge“ ist derzeit auf Schweizer Verhältnisse ausgerichtet (Vergabe von ESR-Nummern), eine Erweiterung für andere europäische Länder resp. die Abdeckung des neuen Standard ISO-20022 ist in Planung.

Für die Inkassokontrolle werden bei der Bank die sogenannten „ESR-Dateien“ heruntergeladen und in OpenOlitor eingespiesen (Zahlungsimports). Beim Import zeigt ein Inkasso-Verarbeitungsfenster an, ob mit einer Rechnung, die bezahlt wurde, alles in Ordnung ist (Status „OK“) oder ob Fehler aufgetreten sind. Wenn der einbezahlte Betrag nicht stimmt, meldet OpenOlitor im Fenster „nicht erledigte Zahlungseingänge“ unter „Status“ „Betrag falsch“, wenn diese Referenznummer bereits verwendet wurde, heisst es „Bereits verarbeitet“, wenn die ESR-Nummer nicht lesbar war, heisst es „ESR nicht erkannt“, und so weiter. Im Inkasso-Verarbeitungsfenster können diese Fehler (die es leider regelämssig gibt), bearbeitet werden und gelöste Fälle können mit einem „OK“ und einer Bemerkung versehen werden. Danach werden diese Zahlungseingänge in die „erledigten Zahlungseingänge“ verschoben.